В 1976 г. Андрей Николаевич окончил лечебный факультет Саратовского медицинского института, прошел интернатуру по специальности «хирургия». Работал общим хирургом в Хвалынской центральной районной больнице. В период с 1980 по 1982 г. обучался в ординатуре при кафедре урологии, с 1984 г. работал ассистентом кафедры урологии. В 1986 г. Андрей Николаевич был удостоен почетного звания «Заслуженный изобретатель СССР». В 1990 г. защитил кандидатскую диссертацию на тему «Обоснование хирургического метода окклюзии артерий при раке мочевого пузыря».
С 2002 г. по настоящее время – доцент кафедры урологии. В 2004 г. А.Н. Понукалин был награжден знаком «Отличник здравоохранения». В 2011 г. ему было присвоено почетное звание «Заслуженный врач Российской Федерации».
Андрей Николаевич активно ведет научно-исследовательской работу, возглавляя отдел реконструктивной уронефрологии и трансплантации почки Саратовского НИИ фундаментальной и клинической уронефрологии, является руководителем Клиники урологии и нефрологии., входит в состав редакционной коллегии журнала «Онкоурология», является председателем Общества онкоурологов Саратова. На протяжении 30 лет Андрей Николаевич руководит студенческим научным кружком, непосредственно участвуя в подготовке врачебных и научных кадров. А.Н. Понукалин — автор более 200 публикаций, более 20 изобретений и рационализаторских предложений.
